Už viešosios įstaigos Transporto kompetencijų agentūros teikiamas administracines paslaugas imamas atlyginimas. Atlyginimo dydis nustatomas (apskaičiuojamas) vadovaujantis ekonomiškai pagrįsta paslaugos savikaina. Į paslaugos savikainą negali būti įtraukiamos su konkrečios paslaugos teikimu nesusijusios sąnaudos. Paslaugos savikainos (išlaidų) dydis turi būti pagrindžiamas vadovaujantis šiais ekonominiais rodikliais: viešosios įstaigos Transporto kompetencijų agentūros praėjusių finansinių metų materialinių ir joms prilygintų sąnaudų (ilgalaikio materialiojo turto nusidėvėjimo ir nematerialiojo turto amortizacijos, komunalinių paslaugų, ryšio, remonto ir panašiai) ir darbo sąnaudų (darbo užmokesčio, socialinio draudimo įmokų ir darbuotojų mokymų), turėtų teikiant konkrečią paslaugą, detalizavimu ir numatomos teikti konkrečios paslaugos galimų šių sąnaudų apskaičiavimu. Atlyginimo dydžio nustatymo (apskaičiavimo) metodiką nustato Vyriausybė, o konkrečius jo dydžius, vadovaudamasis šia metodika, – susisiekimo ministras.