Už viešosios įstaigos Transporto kompetencijų agentūros teikiamas administracines paslaugas imamas atlyginimas. Atlyginimo dydis nustatomas (apskaičiuojamas) vadovaujantis ekonomiškai pagrįsta paslaugos savikaina. Į paslaugos savikainą negali būti įtraukiamos su konkrečios paslaugos teikimu nesusijusios sąnaudos. Paslaugos savikainos (išlaidų) dydis turi būti pagrindžiamas vadovaujantis šiais ekonominiais rodikliais: viešosios įstaigos Transporto kompetencijų agentūros strateginiame veiklos plane patvirtintais sąnaudų dydžiais ir numatomos teikti konkrečios paslaugos galimų sąnaudų apskaičiavimu. Atlyginimo dydžio nustatymo (apskaičiavimo) metodiką nustato Vyriausybė, o konkrečius jo dydžius, vadovaudamasis šia metodika, tvirtina susisiekimo ministras arba jo įgaliota institucija ar įstaiga.